名古屋シティマラソンではチャリティーエントリーにより集まった寄付金をさまざまなチャリティー活動にあてています。活動支援先は以下の2団体の中から選んでいただきます。
アスリートによる子どものスポーツ応援事業 （寄付先：名古屋市）
スポーツの好きな子どもたちの育成や体力向上と健全な青少年の育成などを図ると同時に、スポーツで名古屋を盛り上げるために名古屋市が行っている活動です。「名古屋トップ・スポーツチーム連絡部会（でらスポ名古屋）」に加盟している中日ドラゴンズや名古屋グランパスなど、名古屋を拠点に活動するスポーツチーム18チームの選手・コーチ等によるスポーツ体験会などの各種スポーツイベントを開催しています。
365日途切れることのない救護と支援のために （寄付先：日本赤十字社愛知県支部）
日本赤十字社は人間のいのちと健康・尊厳を守るため、「人道」の理念のもと、世界191の国と地域に広がる赤十字社・赤新月社のネットワークを生かして活動する組織です。
海外では災害や紛争、病気などに苦しむ人々を救うため、緊急時の救援や復興支援、予防活動に取り組んでいます。国内では災害救護活動をはじめ、医療事業、血液事業、救急法などの講習普及に力を入れています
